샘플 수집은 참여 유틸리티에서 수행합니다. 이 프로그램은 샘플이 실험실인 DCLS로 운송될 때까지 샘플의 적절한 수집, 취급 및 보관을 위해 당사의 유틸리티 파트너에게 의존합니다.
수집되는 샘플에는 크게 두 가지 유형이 있습니다: 그랩 샘플과 복합 샘플.
- 캡처 샘플은 특정 시점에 수집된 단일 샘플입니다. 이 유형의 샘플은 샘플을 수집하는 순간 처리장으로 유입되는 폐수를 대표합니다.
- 복합 샘플은 24-시간 동안 수집한 개별 샘플을 결합하여 단일 샘플을 구성하는 것입니다. 샘플은 설정된 시간(예: 10 분마다)에 따라 또는 폐수 처리장으로 유입되는 유량에 따라 수집할 수 있습니다. 이 유형의 샘플은 폐수 처리장으로 유입되는 하루 종일 유입량을 대표합니다.
이 유틸리티는 샘플 수집 시간, 수집 당일의 흐름, 샘플링 지점 등 샘플과 함께 제공되는 추가 정보(메타데이터)를 제공합니다. 샘플은 모두 중요한 처리가 이루어지기 전에 처리장 입구에서 수집됩니다.
샘플은 농축, 추출 및 액적 디지털 중합 효소 연쇄 반응(ddPCR) 분석을 위해 DCLS로 배송됩니다. 11월 주 이전에 15, 2021, 추출한 샘플을 햄튼 로드 위생 지구(HRSD)의 NELAP 공인 실험실로 보내 ddPCR을 통한 SARS-COV2 분석을 실시했습니다. 이 보고서에 제시된 유전자 표적은 ddPCR 폐수 분석을 위한 N2 유전자의 수정 버전인 ddCoV_N입니다.[1]. 템플릿이 없는 대조군(NTC)에서 증폭이 관찰된 정량화 결과는 분석에서 제거됩니다. 현재 버전의 실험실 프로토콜(v2,0)의 검출 한도는 6,200 폐수 1카피/L입니다. 검출 한계 이하의 모든 농도에는 검출 한도의 절반에 해당하는 값이 할당됩니다.
| 랩 프로토콜 버전 | 탐지 한계(LOD) | 실험실 책임 |
| v2.0 | 6,200 | 농도, 추출 및 ddPCR 분석: DCLS |
| v1.0 | 1,350 | 농도 및 추출: DCLS
드롭렛 디지털 중합 효소 연쇄 반응(ddPCR) 분석: HRSD |
바이러스 부하는 공식 1 에 따라 계산됩니다:
(1) 바이러스 부하(카피/일) = 바이러스 동시 발생. (카피/L)∗유량(MGD)∗(3785411.8 L/d)/(1 MGD)
백분위수는 바이러스 부하를 기준으로 사이트별로 계산한 다음 사분위수(즉, 0-19.9th, 20-39.9th, 40-59.9th, 60-79.9th, 80-100참조). 사이트별 백분위수는 현재 주 데이터를 사이트의 과거 데이터와 비교할 수 있는 메트릭을 제공하여 각 사이트의 최고 및 최저 로드가 발생한 시점을 색상으로 시각화할 수 있습니다.
참조
[1] 곤잘레스, R., 라슨, A., 톰슨, H., 카터, E., & 카시, X. F. (2021). SARS 재설계-COV2 폐수 RT-ddPCR을 위한 임상 RT-qPCR 분석. https://doi.org/10.1101/2021.03.02.21252754